MTs Negeri 3 Boyolali merupakan salah satu Madrasah Tsanawiyah Negeri yang ada di Kabupaten Boyolali, Provinsi Jawa Tengah. MTs N 3 Boyolali berdiri pada 16 Maret tahun 1978 dengan nomor NPSN 20363721.
MTsN 3 Boyolali menerima peserta didik baru untuk pertama kalinya pada tahun pelajaran 1978/1979. MTsN 3 Boyolali memiliki karakteristik disiplin, berprestasi, terampil, berbudaya lingkungan, dan berprilaku keislaman. Saat ini jumlah rombel di MTsN 3 Boyolali ada 29 rombel. Rombel tersebut terbagi, yaitu kelas VII ada 9 rombel, kelas VIII ada 10 rombel, dan kelas IX ada 10 rombel. Dari masing-masing tingkatan rombel tersebut, 2 rombel diisi oleh kelas Program Khusus (PK).